A Aiuká mantém um Plano de Gestão de Resíduos que identifica e prevê todas as etapas de segregação, acondicionamento e descarte adequado dos resíduos gerados em todas as suas áreas. Por exemplo, os dois Centros Operacionais da Aiuká (COPs SP e RJ) contam com um sistema apropriado de segregação dos resíduos gerados durante todas as etapas de manejo e limpeza dos animais atingidos por produtos contaminantes.
As áreas destinadas à limpeza e manejo dos animais são interligadas por um conjunto de calhas que recolhem os efluentes contaminados e os destinam para armazenamento em um tanque de contenção, seguindo todas as normas e legislações vigentes.